点对点的EDI运作模式指的是不通过增值网络服务商，而是由两个企业用户之间通过签订协议和有关安排来实施EDI的运作。
点对点的运作是EDI的最简单的运作方式。用户最低的标准需要普通的电脑和通信设备，如调制解调器就基本上可以了。因为这足以使信息从一台电脑传输到另一台电脑。实际上许多企业的EDI实施就是从两个商业伙伴之间的这种数据交换开始发展起来的。无论是大型机，还是小型个人微型电脑，也无论是什么样的商业单据和信息，其运作所遵循的步骤都是一样的。点对点的运作步骤可以概括为以下几个步骤：
1．将有关数据输入你的主机或者是个人电脑，从你的计算机中启动数据传输的操作程序；
2．与商业伙伴的电脑建立连接，通常情况下，电脑所设定的通信程序自动建立相应的连接。
3．在数据传输到公共网络的邮箱，或对方的计算机同时，电脑会将有关信息翻译成符合行业标准的格式，将数据通信协议转换成目标计算机所接收的标准协议。与此同时，电脑自动将信息有效地打包发送。
4．当传输的数据被送到目标信箱或对方的计算机收到了可以认可的格式的信息后，将其存入最终用户的计算机系统中。
然而，针对带有结构性的标准数据的传输， 以上的传输方法无论从技术角度讲，还是从经济角度或者是时间效率角度，都并不是最佳的运作。这是因为，除了计算机对数据进行翻译和在网络上进行传输之外，多数情况下都是针对同一个信息而需要传送到不同的地址，也就是信息传输的广播功能。我们将计算机送出去的信息都统称为报文（Message），这些报文通常要同时传输给许多不同的地方。
以上点对点的模式并不能很好地处理一点对多点，或者是多点对多点的运作方式。因为正在接收的计算机实际上也在发送信息，点对点的运作使计算机无法应付时间不确定的多点的数据传输。因此，随着数据传输数量的增大，计算机要打断正常的工作程序来接收和发送信息，使得计算机无法正常工作。这也就是为什么EDI以清算所为中介的运作模式很快发展起来了。