EDI通信流程需要具体的EDI标准和数据传输协议的支持。EDI的实施需要不同通信层次的标准，一般说来有两个基本层次，一是通信基础设施层次，主要指的是数据传输的基础载体，例如电话线、卫星通信线路、专线网络等。在中国，也许ChinaNet是全国的最大的电脑基础通信主干网络。另外一个层次是EDI报文/通信层次。这一层次也被称为是单据标准层次，它是EDI标准的最重要也是最不容易协调的标准层次。这一层次也是与EDI所交换的数据内容相关的标准，它是EDI电子商务系统的真正核心。我们主要介绍第二个层次。
针对第二个层次的标准又分为EDI通信协议标准和EDI报文标准，针对通信协议标准，EDI通信中所使用的绝大多数标准和协议是来自于国际电话顾问委员会（International Consultative Committee for Telephony）。EDI的报文标准通常指的是在不同应用系统间传输数据所遵循的交换协议。
EDI流程中所使用的不同交换协议起到不同的作用。X.25标准是将电子报文进行具体分解和打包，发送到接收的电脑中。X.25是在通信层次控制EDI流程的传输协议标准。X.400和X.500协议是让发送和接收EDI报文的计算机处理报文的协议。它们通常与报文的内容无关，然而，X.400与数据的分解和打包有关，而X.500则与EDI流程中的地址和目录有关。
针对EDI报文标准，有些发达国家已经制订了一系列的报文标准，如，英国的TRADACOM标准和美国的ANSI X 12标准。联合国成立了国际贸易程序简化工作组，制订了UN/EDIFACT标准（Electronic Data Interchage for Administration, Commerce and Transport）。这个标准得到了国际标准化组织的认可，形成了如ISO9735， ISO7372等国际标准。
由于各国的标准都不同统一，联合国国际标准化组织做了很多的协调工作，1986年底，美国ANSI X12委员会就与其他国家，包括英国的标准化组织开了一次很重要的协调会议。该会议对于在国际贸易中统一EDI的重要性达成了共识。从此以后，各国基本认同UN/EDIFACT标准最终将成为国际范围的EDI标准。
中国在实施国际贸易EDI工程中也积极推进标准化工作。1996年建立的国家级金关工程一直在试图建立中国的标准。中国在选择和确定标准体系结构模式的指导原则有两条：一是从我国国情出发，与国民经济管理体制和经济运行机制相协调，为发展社会主义市场经济服务；二是认真吸取和引进国外的先进管理经验，为发展外经贸事业服务。
金关工程是我国的"电子商务示范工程"。电子商务的标准化理所当然成为我国开展电子商务不可回避的问题。事实上，我国已经做了许多实质性的前期工作。例如在数据传输标准化问题上，我国克服了数据传输标准化起步晚与网络、电信基础薄弱的劣势，积极有效地采用国际标准，并取得了显著成绩。
首先，我国积极作好数据传输标准化的宣传工作。国家有关部门合作编译并出版了数据传输标准系列丛书，开发了英文版《UN/EDIFACT数据库查询系统》，编译（写）了《贸易数据元》、《复合数据元》、《数据段》、《代码表》以及《EDIFACT语法规则》、《报文设计指南》，国家"八五"科技攻关项目《EDI系统标准化总体规则》。另外，EDIFACT中文版（除报文外）的国家标准也已经完成。
其次，我国已将《外贸出口单证格式》（包括《外贸出口商业发票格式》、《外贸出口装箱单格式》、《外贸出口装运声明格式》）与《中华人民共和国进口、出口许可证单证格式》作为国家标准在全国推行。
第三，我国外经贸EDI的两项重要标准：统一进出口企业代码和统一进出口商品代码也已分别完成和接近完成。统一进出口企业代码已于1998年1月1日起在全国对外经贸管理服务工作中使用；统一进出口商品代码草案也已完成，即将进入实施阶段。
我国还于97年底完成了《发票报文》、《进出口许可证报文》的国家标准制订工作。尤其值得一提的是，《中华人民共和国进口许可证报文》和《中华人民共和国出口许可证报文》是在无国际报文可循的情况下，遵照EDIFACT报文设计指南与规则自行设计制订的，这标志着我国标准化工作进入了一个新阶段。
尽管我国在数据传输标准化研究与开发上做了大量的努力，颁布了不少国家标准，但这些标准主要仍局限于外经贸行业。我国推行电子商务，不仅事关外经贸行业，而且对国内贸易也将产生巨大影响。加快国内统一的基础代码和报文制定的标准化是当务之急。