尽管EDI有各种运作方式的变化模式，但是从技术角度来讲，EDI的运作有两个基本的方式：直接点对点的运作模式（Direct Partner-to-Partner Relationship Model）和间接以清算所为中介的运作模式（Indirect Relationship Clearinghouse Model）。下面我们就这两种模式介绍如下：
（一）点对点运作模式
点对点的EDI运作模式指的是不通过增值网络服务商，而是由两个企业用户之间通过签订协议和有关安排来实施EDI的运作。
点对点的运作是EDI的最简单的运作方式。用户最低的标准需要普通的电脑和通信设备，如调制解调器就基本上可以了。因为这足以使信息从一台电脑传输到另一台电脑。实际上许多企业的EDI实施就是从两个商业伙伴之间的这种数据交换开始发展起来的。无论是大型机，还是小型个人微型电脑，也无论是什么样的商业单据和信息，其运作所遵循的步骤都是一样的。点对点的运作步骤可以概括为以下几个步骤：
1．将有关数据输入你的主机或者是个人电脑，从你的计算机中启动数据传输的操作程序；
2．与商业伙伴的电脑建立连接，通常情况下，电脑所设定的通信程序自动建立相应的连接。
3．在数据传输到公共网络的邮箱，或对方的计算机同时，电脑会将有关信息翻译成符合行业标准的格式，将数据通信协议转换成目标计算机所接收的标准协议。与此同时，电脑自动将信息有效地打包发送。
4．当传输的数据被送到目标信箱或对方的计算机收到了可以认可的格式的信息后，将其存入最终用户的计算机系统中。
然而，针对带有结构性的标准数据的传输， 以上的传输方法无论从技术角度讲，还是从经济角度或者是时间效率角度，都并不是最佳的运作。这是因为，除了计算机对数据进行翻译和在网络上进行传输之外，多数情况下都是针对同一个信息而需要传送到不同的地址，也就是信息传输的广播功能。我们将计算机送出去的信息都统称为报文（Message），这些报文通常要同时传输给许多不同的地方。
以上点对点的模式并不能很好地处理一点对多点，或者是多点对多点的运作方式。因为正在接收的计算机实际上也在发送信息，点对点的运作使计算机无法应付时间不确定的多点的数据传输。因此，随着数据传输数量的增大，计算机要打断正常的工作程序来接收和发送信息，使得计算机无法正常工作。这也就是为什么EDI以清算所为中介的运作模式很快发展起来了。
（二）以清算所为中介的运作模式
以清算所为中介的EDI运作模式指的是EDI数据交换都是要通过一个称为清算所的中介机构来传输，从而可以实现多点对多点的EDI数据交换。
以清算所为中介的运作使清算所（或称为EDI服务中心）担当了中介和交换的角色。清算所的主要职能是充当信息流动中"交通警察"的角色。用户的已经被翻译和被转换的EDI数据首先被清算中心（或者称为EDI服务器）接收到，然后将这些数据放到收件人的信箱中。收件人可以在以后任何方便的时间取回数据。
这种运作方式克服了数据传输的流量控制、时间安排，以及管理流程等问题。EDI服务中心可以将各方所发送的数据储存起来，以便在合适的时间由接收者来提取，EDI服务中心的这一运作流程对信息管理提供了增值服务，使信息的发送和接收者都可以灵活地安排工作任务。这一点对EDI在国际贸易中的使用非常重要，因为世界各地的时差和工作日不同，发送和接收的时间安排显得非常重要。
当然这种中介运作的优点并不仅仅表现在信息的传输管理方面，更重要的是EDI服务中心最终将成为商业机构所有商业数据的交换中介， 它使传统的供应链中的各个角色有机地连接起来，实现商业流程所要求的很多功能，如在线自动交易系统、适时库存管理系统、电子支付系统等。下面我们从EDI系统，以及清算所中介的描述中来看一下这种多点的EDI运作是如何形成的。
1．EDI交易网络的形成
假设有两家公司生产类似产品，如家用电器产品，也许它们已经与各自的零部件供应商建立了一对多的系统。在它们的系统中，实际上很可能存在共同的零部件供应商和生产分包商，特别是提供象标准件，螺丝钉、油漆等低端产品的供应商。也许这些零部件供应商还给它们的生产分包商提供原材料投入。
这样，实际上这两家公司独立的EDI系统就可以演变成一个EDI服务中心，该中心实际上是已经连接和延伸到了供应链中的许多组织机构，如经销商、代理、售后服务机构，而这些机构同样也可能使用其他供应商的零部件和其他的服务。
如果这两家公司还出口产品，那么这套系统还会连接国际货运代理公司、报关行、托运人，以及银行结算系统，这一切又会形成国际贸易的基础设施。最终，即使是非常小的系统也会有发展成为相互连接的复杂的网络，这个网络可能会涉及整个行业中的每个角色，还会逐步发展到垮行业，甚至发展成为国际网络，或者成为国际网络的重要一员。
在这一EDI交易网络的发展过程中，EDI从技术角度讲，并不是很复杂。无论交易网络发展到什么程度，企业内部的交易流程还是一样的，企业间传输标准化格式的信息所用的方式也是一样的。然而，实现EDI的意义并不在于技术本身，重要的是EDI实现了商业流程的无纸化和自动化。一旦信息被一次性录入后，人们不再需要将相同的信息从纸面到纸面的重复录入，也不需要从纸面到计算机的再次录入。这样，在处理整个业务流程中就会大大减少，甚至于消除了信息录入错误和遗漏，业务人员可以集中精力处理那些额外的信息。
EDI交易网络的商业意义是可想而知的。如美国汽车制造行业EDI系统设施后，仅在业务系统中避免错误和延误，每年至少为其行业节省20亿美元。
2．EDI适时库存管理控制
日本、美国、加拿大和欧洲等国家为了在国际市场上获取竞争优势，从20世纪80年代后期以来一直在供应链中采取适时的管理模式。适时管理模式（JIT, Just-in-Time）指的是企业的供应商将符合规定数量的原材料或零部件在所指定的具体时间交付到指定的地点，从而代替库存订货的传统做法，以期实现零库存的管理方法。
这种管理模式的优点反映在两个方面： 一是企业原材料和零部件的库存大量减少，进而节省了库存资金占压和各项运营费用；另一个重要方面就是提高了企业对市场的反应速度和市场的灵活性，对于有些产品，如标准化较强的组装产品，如汽车、计算机等，企业可以按照市场的需要进行定制产品，并按订单生产。由于没有了资金和产品的占压，企业的销售价格也不会受到市场价格下跌带来的风险。
这种管理模式实际上对供应商也有好处。供应商也不需积累大量的库存。客户也愿意提前付款或快速付款来适时获取原料或零部件的供应。这对于供应商来讲，流动资金的占压减少，加上即时付款等好处，也愿意采取适时管理模式。
当然，适时管理模式的设施在传统的运作中会增加许多的纸面单证的操作，因为企业原来比如一个月要处理一次的单证，现在要按照需要即时处理。另外，对单证处理的准确性和可靠性提出了更高的要求。这无疑要求EDI运作方式。
一些大的跨国公司，如杜邦、通用汽车、克莱斯勒、福特等都与其原材料和零部件供应商建立了EDI系统。其具体的运作可以归纳为以下几个步骤：
（1） 在制造商的电脑中，将订单输入，而其他的内部运作程序基本上没有什么变化。
（2） 制造商的电脑通过电话线、或专线或者是因特网连接着供应商的电脑系统，当两方电脑系统识别对方后，制造商的订单就被处理并传递到了供应商的电脑系统中。
（3） 供应商的电脑系统自动处理订单，并发送该订单的确认信息。然后，供应商的就会自动通知生产线安排生产，并自动制作装箱单和库存和运输单据。这一切都是以电子方式完成的。
（4） 供应商的电脑以批式文件处理方式制作发票并传递给制造商。
（5） 制造商将汇款以电子汇款通知单的方式通过清算中介传递给供应商，与此同时，该汇款通知也会自动传递给银行清算系统，由银行按电子自动转帐（EFT）方式向供应商办理支付手续。
3．EDI清算所的运作机制
EDI清算所往往开始的时候是一组公司，包括若干制造商、贸易商、供应商，以及经销商和其他一些机构的网络。大家本着共同的利益建立起相互结合的电子单证交换网络。EDI清算所的运作与一对多的系统不同的是，EDI清算所模式中的主角是一些大的公司，它们往往都是EDI的先行者，EDI系统并不是纯粹出于自己公司的单方面利益的需要。从一开始，这些公司就可能在某种程度上与竞争者进行合作，主要的目的是为了保护全行业的利益。
因此，EDI清算所的运作都是对所有的参与者有好处。参与者看到库存减少，通过对市场反应速度的提高，向客户提高的服务也更好。每一个参与者都从程序简化和减少差错等方面受益。这样就会有更多的企业参与进来。最终使得全行业和整个社会的商业关系得到稳固。
然而，在清算所模式中，大家也不可避免问一系列的问题：谁对整个系统负责？谁来对商业单证的格式标准化来做决定？谁来为每一个用户分配识别代码，以便每个参与者都有自己的独立代码？使用该系统要不要付费？
从各国的发展经验来看，清算所模式的EDI通常其EDI服务中心都是最终由与用户没有直接商业关系的中介机构来建立，例如贸易促进机构、商业协会等。这些机构通常要能够致力于EDI标准的制订和处理行业内部以及与其他行业之间的协调关系。这些机构逐步演化为行业协会组织，当然也通过收取会员费和向会员提供服务来获得发展。
在概念上，EDI服务中心的运作是非常简单的，它主要是数据的储存和传输中介。每一个用户都有自己的独立代码和安全措施，就象锁一样可以防止不被授权的其他人进入和提取数据。当用户通过自己的计算机与EDI清算所连接，它要通过EDI服务中心的防火墙或安全系统。一旦认定是授权的使用者，那么就可以进入并可以提取发送过来的单证，如订单、发票和确认书等。
EDI服务中心要对所有的数据传输进行备份并作为商业原始凭证要保留法律所规定的一定时间。在简单的EDI服务中心，每笔交易都是单独处理的。由于每个单证都是已经被翻译成EDI的标准语言，EDI中心的任务就是对数据内容的封面进行处理，这样可以保证有些非常敏感的内容，如电子转帐通知等内容不被局外人获取。也有人预测，随着EDI标准的不断进步，特别是联合国EDIFACT标准的普及，EDI服务中心的职能就不仅仅局限于处理数据内容的封面，其增值服务要延伸到核对单证标准，以及满足一些特殊的需要。
这里，人们不禁有些疑问，EDI的运作与电子邮件（E-mail）的运作有些类似。但是，EDI与电子邮件毕竟不同，下面是他们之间的区别之处：
1．EDI是机构到机构之间的数据传输；而E-mail则是个人到个人的信息传输。
2. EDI传输的是标准化和结构化的数据文件；而E-mail则是传输非标准化的文本文件，尽管电子邮件也可以附着各种格式的附件。
3．EDI目前遵循的全球标准是联合国的EDIFACT标准；而E-mail则通常使用的是ASCII（American Standard Code for Information Interchange）格式。
4．EDI主要是支持计算机的自动数据处理，更具体就是EDI实际上是在两个计算机的应用系统之间进行数据交换，没有人工干预；而E-mail则是传递个人信息，通常其信息的获得是为了个人的需要，接收的计算机系统无法自动识别所传输的信息。